Phaistos ist auf einem kleinen Hügel (etwa 100 m über Meereshöhe) erbaut, südlich des Flusses Geropotamos, der in der Antike unter dem Namen Lithaios bekannt war, und beherrscht das Tal von Kato Messara, das von majestätischen Bergen umgeben ist (Psiloritis, Asterousia, Lasithiotika).

Im Süden erstreckt sich das Libysche Meer. Lithaios, der den Hügel von Phaistos im Osten und Norden umgibt, war die Quelle zur Wasserversorgung der Stadt. Das milde und warme Klima der Gegend machte das Leben für die Einwohner bequem und angenehm.  Phaistos zählte zu den wichtigsten Zentren der minoischen Kultur und war die reichste und mächtigste Stadt in Südkreta. Sie wird in Texten antiker Autoren erwähnt, wie in Diodor, Strabon, Pausanias und auch in Homer. Sie gehört zu den drei wichtsten Städten, die Minos auf Kreta gründete. Der Mythologie zufolge herrschte in Phaistos die Dynastie des Radamanthys, Sohn des Zeus und Bruder des Minos. Homer erwähnt ihre Beteiligung am trojanischen Krieg und beschreibt sie als eine „gut bewohnte“ Stadt. Die Blütezeit von Phaistos beginnt mit dem Eintritt von Kreta in die Bronzezeit Mitte des 3. Jahrtausends v. Chr., als die Grundlagen, auf denen die minoische Kultur erwuchs, gelegt wurden.

Die Besiedlung in Phaistos begann seit der Jungsteinzeit, wie Fundamente jungsteinzeitlicher Häuser, Werkzeuge, Figuren und Tonscherben, die bei den Ausgrabungen unter dem Palast aufgedeckt wurden, beweisen. Die jungsteinzeitliche Siedlung soll den Gipfel und den südwestlichen Hang des Hügels bedeckt haben. Mitte des 3. Jahrtausends v. Chr. begann die Verwendung von Metallen, was die Entwicklung der Stadt begünstigt.

Die Entwicklung setzt sich bis zur Gründung und Konsolidierung der minoischen Paläste fort (15. Jh. v. Chr.). Am Anfang des 2. Jahrtausends bekommen Könige die Macht und gründen große Paläste. Der erste Palast wurde um 1900 v. Chr. erbaut und zusammen mit den anderen umliegenden Gebäude nahm eine Fläche von 18.000 Quadratmetern ein, nur ein Stück kleiner als diejenige des Palastes von Knossos. Das große Erdbeben um 1700 v. Chr. war die Ursache seiner Zerstörung, wie auch von Knossos. An seiner Stelle wurde ein neuer, noch prachtvollerer Palast errichtet, zu dem die meisten heute restaurierten Überreste gehören, während viele Teile des ersten Palastes auch freigelegt worden sind, vor allem im Südwesten. Die minoische Stadt erstreckt sich über eine große Fläche um die Palastanlage herum.

Phaistos war der Sitz des Herrscher-Königs, der nicht nur die fruchtbare Messara-Ebene und die Siedlungen in der weiteren Umgebung, sondern auch den Ausgang zum Meer und die Häfen des Golfs von Messara unter seiner Macht hatte. Nach der Zerstörung des Palastes (15. Jh. v. Chr.) wird die Stadt Phaistos in der mykenischen und der geometrischen Zeit weiter bewohnt (8. Jh. v. Chr.). In den folgenden Jahrhunderten erlebt Phaistos eine neue Blütezeit. Die Fläche der Stadt wird größer im Vergleich zu ihrer Fläche in der minoischen Zeit. Es handelt sich um eine reiche, mächtige, bevölkerungsreiche und unabhängige Stadt. Die Stadt prägte ihre eigenen Münzen und während ihrer Blütezeit verbreitete sich ihre Dominanz vom Kap Lithino bis zum Kap Melissa und umfasste die kleinen Inseln Paksimadia, die in der Antike als „Litoai“ bekannt waren. Der Staat von Faistos hatte zwei starke Häfen, Matala und Kommos, im Südwesten.

In der historischen Zeit wurde der Tempel der Rhea südlich des alten Palastes gebaut. Es gibt eine Zeitlücke in der klassischen Zeit, aus der noch keine architektonische Überreste freigelegt worden sind. Im Gegensatz dazu war die hellenistische Stadt besonders wohlhabend. Ein Beispiel der Häuser aus dieser Zeit kann man im Westhof (obere Terrasse) des Palastes sehen. In der Mitte des 2. Jahrhunderts v. Chr. (um 160 v. Chr.) wurde die Stadt von der benachbarten Gortyna zerstört und unterworfen. Obwohl sie nicht sofort aufgegeben wurde, verliert Phaistos an Macht. In der gesamten Region gibt es verstreute Spuren von Besiedlung während der venezianischen Herrschaft. Das heutige Dorf Agios Ioannis am südlichen Rand der antiken Stadt ist das bescheidene Überbleibsel einer ruhmreichen Vergangenheit.

Aus archäologischer Sicht ist Faistos nach Knossos die zweitwichtigste minoische Stadt. Die Lage von Phaistos wurde erstmals von dem britischen Kapitän H. Spratt anerkannt und identifiziert. Im Jahre 1884 wurden archäologische Untersuchungen in Phaistos von F. Halbherr begonnen und von der Italienischen Archäologischen Schule (Halbherr und L. Pernier, 1900-1904) und von Doro Levi (1950-1971) fortgesetzt. Neben den Ausgrabungen wurden Verstärkungsarbeiten von der Italienischen Archäologischen Schule durchgeführt. Einige Bereiche, insbesondere der alte Palast und die königlichen Räume des neuen Palastes, wurden mit Kunststoff abgedeckt, während andere, wie die Lagerräume des neuen Palastes, mit Betonplatten abgedeckt wurden.