Le plus important centre de la civilisation minoenne, Cnossos, est bâti sur la colline de Kefala, au milieu des oliviers, des vignes et des cyprès, à 5 km au sud-est d’Héraklion. Tout près coule la rivière Kairatos (aujourd’hui Katsambas). D’après la tradition, Cnossos était le siège du roi Minos et la capitale de son État. Le palais de Cnossos est lié aux passionnants mythes du Labyrinthe et du Minotaure et de Dédale et Icare.

Il est également fait mention de Cnossos, de son palais et de Minos par Homère (la liste des navires de l’Iliade indique que la Crète a dépêché 80 navires placés sous les ordres d’Idoménée, roi de Cnossos. Odyssée, v. 178-9), Thucydide (référence à Minos), Hésiode et Hérodote, Bacchylide et Pindare, Plutarque et Diodore de Sicile. La ville connut son apogée à l’époque minoenne (2000-1350 av. J.-C.), à laquelle elle fut le centre principal et le plus peuplé de la Crète. À des époques ultérieures, elle joua un rôle important et se développa notamment à l’époque hellénistique.

La ville de Cnossos a été constamment habitée de la fin du septième millénaire aux temps romains. L’époque néolithique se caractérise par une phase de vie agricole techniquement évoluée (outils de pierre et poids de tissage). De ramasseurs d’aliments, les habitants deviennent eux-mêmes producteurs (cultivateurs et éleveurs) et la tendance est à l’implantation systématique et durable. Les phases d’habitation à Cnossos se succèdent ; à la fin du Néolithique récent, la population de la localité est estimée à 1000 – 2000 habitants.

Le développement du site se poursuit probablement à l’Âge du bronze, que caractérise le traitement du bronze. Toutefois, les travaux réalisés pour la construction du palais ont entraîné la destruction de nombreux bâtiments plus anciens. La localité est désormais désignée Ko-no-so dans les textes en écriture linéaire B du XIV^e s. av. J.-C. Le peuplement fut particulièrement intense lors de la construction du premier palais (XIX^e-XVII^e s. av. J.-C.), du deuxième palais (XVI^e-XIV^e s. av. J.-C.) et des somptueuses demeures, du caravansérail et des ouvrages minoens d’infrastructure. Les palais sont bâtis sur des emplacements qui contrôlent les plaines et l’accès à la mer, tandis que des villages importants se créent tout autour.

Les villes et les palais n’ont cependant jamais été fortifiés, confirmant ainsi la Pax minoica. Vers 1700 av. J.-C., un grand séisme détruit probablement Cnossos et conduit à des travaux de grande ampleur dans la ville et au palais. La ville de Cnossos s’est développée sur une vaste superficie et Evans en estime la population à environ 80 000 habitants.

En 1450 av. J.-C., après la destruction partielle de Cnossos, des Mycéniens s’établissent dans la ville, sans toutefois reconstruire les palais. Peu de vestiges subsistent des périodes suivantes ; la plupart sont des tombes et les ruines d’un petit temple classique dans le quartier du palais. La ville connut à nouveau la prospérité à la période hellénistique (sanctuaires de Glaucos et de Déméter, tombes voutées, cimetière nord, tours de fortification). En 67 av. J.-C., Quintus Caecilius Metellus Creticus s’empara de Cnossos et fonda une colonie romaine du nom de Colonia Julia Nobilis. C’est de cette période que datent la « Villa de Dionysos » et ses remarquables mosaïques.

À l’époque byzantine, Cnossos est le siège d’un évêché ; il reste d’ailleurs encore des vestiges d’une basilique du VI^e s. av. J.-C. Après la conquête de la Crète par les Arabes, le port d’Héraklion voit son importance croître alors que Cnossos tombe peu à peu dans l’oubli. Le petit village de Makritichos fut construit sur les ruines romaines et doit son nom à un long mur, vestige de la période romaine de Cnossos.

Le site de Cnossos fut découvert en 1878 par Minos Kalokairinos. A. Evans commença des fouilles systématiques en 1900, lesquelles se poursuivirent jusqu’en 1931 et permirent de mettre au jour le palais ainsi qu’une grande partie de la ville minoenne et des cimetières. Depuis, l’École anglaise d’archéologie et la 23^e Inspection des antiquités préhistoriques et classiques continuent d’effectuer des fouilles dans la région.